“Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin strukturunun təkmilləşdirilməsi ilə bağlı tədbirlər planı haqqında” Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2006-cı il 31 mart tarixli 1399 nömrəli Sərəncamına əsasən, Bakı şəhəri təhsil şöbələri ləğv edilərək Sərəncamın icrası məqsədilə Nazirlər Kabineti 28 iyul 2006-ci il tarixində qərar qəbul edilmişdir. Qərara əsasən, Təhsil Nazirliyinin birbaşa tabeliyində olan Bakı Şəhəri üzrə Təhsil İdarəsi yaradılmışdır.

Hazırda İdarədə 12 sektor, xidmət bölmələri və Təlimə Dəstək Mərkəzi fəaliyyət göstərir. BŞTİ-nin tabeliyində 317 məktəb (307 tam orta məktəb, 7 əyani-qiyabi axşam məktəbi, 3 xüsusi tipli ümumi orta məktəb) və 46 məktəbdənkənar müəssisə vardır.